對膜件的清洗一般分為物理清洗和化學清洗兩種，而化學清洗的頻次越高，對膜件的損傷越大，嚴重影響了膜系統的使用壽命。

           
      膜清洗頻率與預處理措施的完善程度是緊密相關的。預處理越完善，清洗間隔越長；反之，預處理越簡單，清洗頻率越高。一般膜清洗是遵循當校正過的淡水流量與最初200h運行的流量之比，降低了10%和觀察到壓差上升了10%~20%就需進行清洗。盡可能在脫鹽率下降顯示出來以前采取措施。正規安排的保護性維護清洗不足以保護反滲透系統。
      化學清洗系統通常包括一臺化學混合箱和與之相配的泵、混合器、加熱器等。 根據運行經驗來決定（可以根據每列設備壓降讀數與運行時間的關系曲線，或是依據產水量、淡水水質和膜的壓降等）。
      化學清洗所用的藥劑和方法，需根據污染源來決定。下表可供參考，但更應重視和應用本單位的經驗。為了保證效果，在化學清洗前要進行沖洗。沖洗前先降壓，再用2~3倍正常流速的進水沖洗膜，靠流體的攪動作用將污物從膜面從膜面剝離并沖走。 
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